De sanering van de Kralingse Plas valt onder de Wet Bodembescherming waarvoor de provincie bevoegd gezag is. De waterbodem van de Kralingse Plas is verontreinigd met lood. Dit lood is afkomstig van twee loodwit-fabrieken die in Kralingen stonden en in de 19e eeuw gesloten zijn. Loodwit werd gebruikt als een kleurstof voor witte verf. Het water van deze fabriek werd geloosd op de Kralingse Plas. Het doel van de waterbodemsanering is het wegnemen van het risico voor de planten en dieren in de plas er is geen gevaar voor de volksgezondheid.
Een voorwaarde voor het uitvoeren van de sanering is dat er een integraal plan wordt opgesteld voor de verbetering van de waterkwaliteit. Het doel van dit plan is te onderzoeken welke maatregelen noodzakelijk zijn om de waterkwaliteit van de Kralingse Plas structureel te verbeteren in combinatie met de waterbodemsanering. Onderdelen uit dit plan worden ook ingepast als verbetering van de buitenruimte zoals bijvoorbeeld de aanleg van een nieuwe steiger en een vistrap.
In het plan is onderzocht langs welke routes er water in en uit de plas stroomt. Hiervoor zijn balansen opgesteld voor water en voedingsstoffen. De draagkracht voor voedingsstoffen is voor de plas berekend en vergeleken met de hoeveelheid voedingsstoffen die erin stromen. Het systeem moet namelijk niet te veel voedingsstoffen bevatten zodat een goede biologische waterkwaliteit mogelijk wordt.. Uit de watersysteemanalyse blijkt ook dat de huidige toestand, de vertroebeling van het water van de Kralingse Plas door algen, wordt veroorzaakt door de verschillende vissen, brasem en karper, die in de plas zwemmen in combinatie met de voedselrijke waterbodem. Door deze omstandigheden, onder meer de soorten vissen, veel voedingsstoffen en het ontbreken van waterplanten, is er sprake van een stabiele situatie voor algen waardoor er regelmatig een bloei van blauwalgen optreedt.
